イグジストアーカイヴのスキルに関するトロフィー「スキルブック」「オールラウンダー」の獲得条件が分かったので紹介します。
スキルを100個獲得してもトロフィーが取れなかったのでバグだと思っていました…
追記:ver1.03のアップデートでトロフィー獲得に関する不具合が修正されました。
獲得条件
条件1:スキル全104種類を習得(レベルは不問)
アタック、ガード、サポート、ドロップで習得できるスキル全104種類を全て習得。LVは特に関係ありません。

LVは無関係
・ちなみにクラスも全部習得済みでした、関連があるかは不明(習得していない人がいるとは思えませんが)
アタックスキル 習得条件一覧 – ととねこのゲーム攻略所
スキル習得条件一覧をまとめてあります。
条件2:カナタが関連するミックスアップ限定スキル4つを習得
ミックスアップでカナタが習得できるスキルは4種類存在します。
・竹馬の盟友
条件:カナタ、ランゼ、コハル、ミツヒデ
・エターナルトライアングル
条件:カナタ、ランゼ、まゆら
・男の汗
条件:パーティメンバーが全員男
・男の夢
条件:カナタ以外のメンバーが全員女
上記4つの習得が条件の1つである可能性があります。
| ミックスアップスキル | 条件メンバー | 
|---|---|
| 竹馬の盟友 ・RDM,RST,AVDアップ  | カナタ ランゼ コハル ミツヒデ  | 
| エターナルトライアングル ・ATK,MAGアップ  | カナタ ランゼ まゆら  | 
| 師資相承 ・HITアップ  | ミツヒデ なめろう  | 
| 祖父の思い出 ・RDMアップ  | ミツヒデ レン  | 
| リスペクト・ヒーロー ・MAG,AVDアップ  | レン まゆら ユイ  | 
| マジカル・ヒロイン ・MAG,RSTアップ  | コハル まゆら ユイ  | 
| 契約と約束 ・AVDアップ  | なめろう スザク  | 
| パンキー・エッジ ・ATK,HITアップ  | スザク キリヤ  | 
| アンビバレント ・ATKアップ 10%+スキルLV×5%  | キリヤ エマ カガト  | 
| クイーンズ・オーダー ・ATK,RDMアップ  | ランゼ スザク エマ  | 
| 真の主人公? ・ATKアップ 10%+スキルLV×5%  | ボツ・カナタ ボツ・ランゼ (最初から習得済み)  | 
| 男の汗 ・ATK,MAG,HITアップ  | パーティメンバー 全員男  | 
| 男の夢 ・RDM,RST,AVDアップ  | カナタ以外 メンバーが全員女  | 
ミックスアップを発生させるには、条件となるメンバー間の好感度が重要です。TRIAL EVENTや敵撃破、クエストクリアなどによって好感度を上げていきましょう。
好感度を上げても習得できる確率はかなり低いようなので頑張りましょう。
【外層】木漏れ日の森(中級)
最初のエリアの右隣りエリアから行ける小部屋(上記リンク先、アイテム:1、アイテム:3,4があるエリア)に行くとほぼ確実にTRIAL EVENTが発生します(そのエリアに出現する敵を倒すだけ)。
条件3:クラススキル全レベル5(オールラウンダー)
仲間の能力を全て習得することが条件なので、全クラスのLVを5にする必要があると思われます。
全クラスLV5+通常習得スキル104+ミックスアップ限定スキル4の合計108個のスキルを習得することが「スキルブック」「オールラウンダー」の条件の可能性があります。
この条件を満たした瞬間に両方のトロフィーを獲得できました。

「バグ」というか「表記ミス」?
ミックスアップで「竹馬の盟友」「エターナルトライアングル」「男の汗」「男の夢」の4つを習得してから、検証のためにあえて習得せずにいたサポートスキル「オーバー・アクセル」を習得した瞬間にトロフィーを獲得できました。
ミックスアップの4つのスキルを習得する前に、104個のスキルを全て覚えてもトロフィーは取れなかったのは確認済みです。
「カナタがスキルを100個覚えた」という条件とは合っていない気がするのですが、表記ミスということなんですかね?
ちなみに私はPS4版でプレイしているので、現状誰でも獲得可能だと思います。ミックスアップのスキルは盲点だった…
4つのミックスアップを習得していなくてもトロフィーが取れたとの情報がありました。
上でも書きましたが、私がトロフィーを獲得出来た時と出来なかった時の状況は、
・ミックスアップ4種類を習得していない状態(正確には「竹馬の盟友」以外の3つは習得した段階)で、「オーバー・アクセル」をスキル習得メニューでポイントを振って新たに覚えても(ミックスアップ3種類+通常スキル103の状態から新たにオーバー・アクセルを習得)トロフィーは獲得できず。
・「竹馬の盟友」を習得(カナタが関連する4つのミックスアップ習得後)に、同様にメニューから「オーバー・アクセル」を習得(ミックスアップ4種類+通常スキル103の状態から新たにオーバー・アクセルを習得)したらトロフィー獲得。
という状況でした。
「竹馬の盟友」の有無以外は条件がまったく同じなので関係あるとしたのですが…。
現状のトロフィー条件の可能性としては
1:ミックスアップ4種類を獲得する(不要な人もいたのでよくわからない)
2:最後の1つのスキルをラーニングではなく、自力でスキル習得メニューから獲得する
(「オーバー・アクセル」はラーニング不可なので、これを最後に残せば誤って全てのスキルをラーニングで覚えてしまう、という状況は回避できます)
の2点が考えられます。
[結論]
修正アップデートを待とう(匙を投げる)
ver1.03のアップデートでトロフィー獲得に関する不具合が修正され、問題なくトロフィーを獲得できるようになりました。
スキルブックは文字通りスキル100種類習得が条件だと思います。
オールラウンダーの獲得条件の検証は多分やりません。もう許して!

        
突然すいません。
星の枢軸の※1上下に移動するリフトがS3を起動しても発生しないのと星の枢軸 最奥のW5への行き方がよく分からないのですが良ければ教えてください。